Bộ máy tổ chức của Trường PTLC Alfred Nobel gồm Hội đồng trường, Ban Giám Hiệu và Ban Lãnh đạo. Hội đồng trường có nhiệm vụ xây dựng nền tảng tinh thần của nhà trường, bao gồm mô hình giáo dục, triết lý giáo dục, giá trị cốt lõi, chương trình giáo dục, phương pháp giáo dục chủ đạo, kỷ luật và văn hóa học đường. Hội đồng trường cũng chỉ đạo việc cập nhật và xây dựng mới nội dung chương trình, đổi mới phương pháp giảng dạy, tìm kiếm và hợp tác với các đối tác giáo dục trong và ngoài nước, nhằm không ngừng nâng cao chất lượng giáo dục của nhà trường.

Ban lãnh đạo trường là cơ quan quản lý, chịu trách nhiệm về các hoạt động của Trường. Ban lãnh đạo trường có trách nhiệm tư vấn chiến lược, định hướng hoạt động, cũng như điều hành các hoạt động ở các bộ phận của Trường.